Az Ügynökség a kormányzati informatikát felügyeli, valamint az e-közigazgatási, informatikai rendszerek és azok infrastruktúrájának üzemeltetéséért és a kapcsolódó fejlesztések megvalósításáért is felel. Az innovatív és proaktív működés a megfelelő eszközrendszer birtokában a digitalizációt az állampolgárok szolgálatába állítja. A szervezet célja, hogy csökkenjen a bürokrácia, hatékonyabbá váljon a döntéshozatal és enyhüljenek az állampolgárok terhei. A működés racionalizálása érdekében a DMÜ egyfajta ernyőszervezetként tevékenykedik.
A szervezet céljai között szerepel az ügyfélbarát szolgáltatások kialakítása, a digitális állampolgárság megteremtése, egy magyar bázisú felhőszolgáltatás létrehozása, az adatalapú kormányzati döntéselőkészítés és döntéshozatal megvalósítása, továbbá működtetni az az összehangolt infrastruktúrát. Cél az átláthatóság, a kiszámíthatóság, a hatékony és gyors ügyintézés biztosítása, hogy az új ügynökség Magyarországot egy jól működő 21. századba vezesse át.